Daňová kontrola 2026: lehoty, práva daňového subjektu a vyššie pokuty po novele

Daňová kontrola je postup, ktorým správca dane podľa § 44 zákona č. 563/2009 Z. z. (daňový poriadok) zisťuje alebo preveruje skutočnosti rozhodujúce pre správne určenie dane. Môže trvať najviac jeden rok od začatia, končí sa dňom doručenia protokolu a na vyjadrenie k zisteniam má daňový subjekt najmenej 30 pracovných dní, ktoré nemožno odpustiť. Od 1. 1. 2026 platia po novele č. 384/2025 Z. z. výrazne vyššie pokuty a zároveň nová úľava pri rýchlej úhrade.

Začatie kontroly – § 44

Správca dane doručí oznámenie o daňovej kontrole, ktoré musí obsahovať deň začatia, miesto výkonu, druh kontrolovanej dane a kontrolované obdobie. Deň začatia určený v oznámení nesmie byť neskôr ako 40 dní od doručenia oznámenia.

Bez oznámenia sa kontrola začína spísaním zápisnice – najmä ak o jej vykonanie požiadajú orgány činné v trestnom konaní, pri dôvodnom podozrení, že doklady budú pozmenené či zničené, a pri kontrole oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu DPH.

Ako dlho môže daňová kontrola trvať – § 46 ods. 10

Lehota na vykonanie daňovej kontroly je najviac jeden rok odo dňa jej začatia. Predĺžiť ju možno len pri kontrole zahraničných závislých osôb (transferové oceňovanie), a to Finančným riaditeľstvom SR najviac o 12 mesiacov.

Prekročenie lehoty má zásadné dôsledky. Podľa ustálenej judikatúry Najvyššieho súdu SR (napríklad 8 Sžf 55/2011, 3Sžfk/40/2019, 6Sžfk/63/2017) aj nálezu Ústavného súdu SR III. ÚS 24/2010 ide o procesnú preklúziu – protokol získaný po uplynutí lehoty je nezákonne získaným dôkazným prostriedkom a nezákonnosť nemožno zhojiť dokazovaním vo vyrubovacom konaní. Súdy však zároveň zdôrazňujú, že daňový subjekt musí prekročenie lehoty aktívne namietať.

Prerušenie kontroly – § 61

Správca dane kontrolu preruší najmä vtedy, ak sa začalo konanie o inej rozhodujúcej skutočnosti alebo ak treba získať informácie medzinárodnou výmenou informácií. Podľa § 61 ods. 5 počas prerušenia lehoty neplynú – práve preto sa kontrola v praxi natiahne aj na niekoľko rokov.

Podľa rozsudku Súdneho dvora EÚ vo veci HYDINA SK (C-186/20) nariadenie Rady (EÚ) č. 904/2010 neupravuje maximálnu dĺžku kontroly ani podmienky prerušenia a nepriznáva daňovníkom subjektívne práva – prekročenie trojmesačnej lehoty na výmenu informácií teda samo osebe nespôsobuje nezákonnosť.

Práva a povinnosti daňového subjektu – § 45

Práva (§ 45 ods. 1):

• žiadať predloženie služobného preukazu a písomného poverenia zamestnanca správcu dane,
• byť prítomný na rokovaní svojich zamestnancov so správcom dane,
• predkladať a navrhovať dôkazy preukazujúce vlastné tvrdenia,
• nahliadať do zapožičaných dokladov a do zápisníc z miestneho zisťovania,
• byť vopred upovedomený o výsluchu svedka, byť prítomný a klásť mu otázky,
• vyjadrovať sa k zisteným skutočnostiam a k spôsobu ich zistenia počas kontroly,
• vyjadriť sa k protokolu a označiť dôkazy,
• dať sa zastúpiť advokátom, daňovým poradcom alebo inou osobou.

Povinnosti (§ 45 ods. 2): umožniť vstup do priestorov, zabezpečiť vhodné podmienky na výkon kontroly, predkladať doklady, záznamy a evidencie a podávať k nim vysvetlenia, poskytovať požadované informácie, zapožičať doklady proti potvrdeniu, umožniť prístup k softvéru a informačnému systému, v ktorom sa vedie účtovníctvo, a predložiť dôkazy najneskôr do dňa ukončenia kontroly.

Protokol a lehota na vyjadrenie – § 46 ods. 8 a 9, § 47

Po skončení kontroly vyhotoví správca dane protokol s výsledkom kontroly a vyhodnotením dôkazov. Ak sa zistil rozdiel dane, doručí sa protokol spolu s výzvou na vyjadrenie, v ktorej správca dane určí lehotu nie kratšiu ako 30 pracovných dní od doručenia protokolu. Zákon výslovne uvádza, že zmeškanie tejto lehoty nemožno odpustiť – ide o prekluzívnu lehotu, ktorá sa nepredlžuje.

Časté nedorozumenie: 15-dňová lehota pochádza zo starého zákona č. 511/1992 Zb. a dnes už neplatí.

Daňová kontrola je ukončená dňom doručenia protokolu (§ 46 ods. 9). Tento dátum je rozhodujúci pre posúdenie, či bola dodržaná ročná lehota. Náležitosti protokolu upravuje § 47 – okrem identifikačných údajov obsahuje najmä súpis kontrolovaných dokladov, preukázané kontrolné zistenia a vyhodnotenie dôkazov. Čiastkový protokol vyhotovený počas kontroly ju neukončuje.

Vyrubovacie konanie – § 68

Vyrubovacie konanie začína nasledujúci deň po doručení protokolu s výzvou a končí dňom doručenia rozhodnutia. Správca dane vydá rozhodnutie do 15 dní od uplynutia lehoty na vyjadrenie, prípadne odo dňa doručenia vyjadrenia. Rozhodnutie nemôže obsahovať dorubenie dane v rozsahu, ktorý nevychádza zo zistení uvedených v protokole.

Opakovaná daňová kontrola – § 44 ods. 4

Opakovaná kontrola tej istej dane za to isté obdobie je prípustná len v štyroch prípadoch: ak daňový subjekt žiada o vrátenie dane dodatočným daňovým priznaním, ak žiada o vrátenie sumy podľa osobitných predpisov, na podnet ministerstva alebo Finančného riaditeľstva SR, alebo na požiadanie orgánov činných v trestnom konaní či Policajného zboru. Mimo týchto dôvodov je neprípustná a zakladá nezákonnosť celej kontroly.

Zánik práva vyrubiť daň – § 69

• 5 rokov od konca roka, v ktorom vznikla povinnosť podať daňové priznanie – základná lehota,
• 7 rokov, ak si daňový subjekt uplatnil odpočet daňovej straty,
• ak bol pred uplynutím lehoty vykonaný úkon smerujúci na vyrubenie dane, päťročná lehota plynie znova od konca roka, v ktorom bol daňový subjekt o úkone vyrozumený,
• 10 rokov – objektívna maximálna hranica, ktorú nemožno prekročiť ani opakovaným prerušovaním.

Právo vymáhať daňový nedoplatok sa premlčuje po 6 rokoch, najneskôr však po 20 rokoch (§ 85).

Pokuty a úroky z omeškania – § 154 až § 156

Sadzby pokút sú naviazané na základnú úrokovú sadzbu ECB a odstupňované podľa toho, kedy sa chyba napraví:

• dodatočné daňové priznanie pred začatím kontroly – 1-násobok sadzby ECB ročne, najmenej 3 % ročne,
• dodatočné daňové priznanie po začatí kontroly – 2-násobok, najmenej 7 % ročne,
• rozdiel dane zistený správcom dane pri kontrole – 3-násobok, najmenej 10 % ročne.

Pokuta sa počíta za každý deň a nemôže byť vyššia ako suma vyrubenej dane. Neuloží sa, ak nepresiahne 5 € (obec 3 €). Úrok z omeškania podľa § 156 je 4-násobok sadzby ECB, najmenej však 15 % ročne, a počíta sa najdlhšie za 4 roky omeškania.

Čo sa zmenilo od 1. januára 2026

Novela daňového poriadku vykonaná zákonom č. 384/2025 Z. z. priniesla:

• jednotnú dolnú hranicu pokuty 100 € namiesto doterajších 30 až 60 €,
• nepodanie daňového priznania v lehote – 100 až 30 000 €,
• nepodanie ani na výzvu správcu dane – 100 až 60 000 €,
• nesplnenie registračnej povinnosti – 100 až 30 000 €,
• nesplnenie oznamovacej povinnosti a iné porušenia nepeňažnej povahy – 100 až 10 000 €,
• nový § 155 ods. 17 – ak daňový subjekt uhradí vyrubené peňažné plnenie do 15 dní od doručenia rozhodnutia, pokuta sa uloží len vo výške dvoch tretín,
• predĺženie lehoty pri odstraňovaní pochybností z 15 na 30 dní,
• rozšírenie miestnej príslušnosti pri vyhľadávacej činnosti a právomocí pri zriaďovaní záložného práva.

Nové sadzby sa uplatnia na porušenia, ku ktorým došlo po 31. 12. 2025. Naďalej platí aj inštitút druhej šance – pri prvom porušení vybraných povinností daňový úrad pokutu neuloží.

Osobitne pripomíname daňovú amnestiu: pri nedoplatkoch existujúcich k 30. 9. 2025, ktoré sa uhradia od 1. 1. 2026 do 30. 6. 2026, sa odpustí uloženie pokuty a vyrubenie úroku z omeškania. Netýka sa nedoplatkov vzniknutých po 1. 10. 2025 ani miestnych daní.

Ako sa brániť

Odvolanie podľa § 72 až § 74 sa podáva do 30 dní od doručenia rozhodnutia, a to u správcu dane, ktorý rozhodnutie vydal. Ak rozhodnutie neobsahuje poučenie alebo je nesprávne, lehota je šesť mesiacov. Včas podané odvolanie má odkladný účinok – vyrubená daň nie je počas odvolacieho konania vykonateľná. O odvolaní rozhoduje Finančné riaditeľstvo SR, ktoré môže rozhodnutie potvrdiť, zmeniť, zrušiť alebo zrušiť a vrátiť vec.

Po vyčerpaní odvolania možno podať správnu žalobu do dvoch mesiacov podľa Správneho súdneho poriadku (zákon č. 162/2015 Z. z.). Žaloba nemá odkladný účinok – o odklad vykonateľnosti treba súd osobitne požiadať, ak by hrozila závažná ujma alebo značná hospodárska škoda. Ďalším opravným prostriedkom je kasačná sťažnosť na Najvyšší správny súd SR.

Najčastejšie chyby

• Zmeškanie lehoty na vyjadrenie k protokolu – najfatálnejšia chyba, lehotu nemožno odpustiť.
• Nesledovanie ročnej lehoty vrátane období prerušenia a nenamietnutie jej prekročenia.
• Predkladanie dôkazov až v odvolaní – dôkazné bremeno nesie daňový subjekt a dôkazy treba predložiť do ukončenia kontroly.
• Podcenenie oznámenia o kontrole – neoverí sa 40-dňový limit, vymedzenie rozsahu ani prípustnosť opakovanej kontroly.
• Ústna komunikácia bez zápisu a odovzdávanie dokladov bez potvrdenia so súpisom.
• Neskoré zapojenie poradcu – až po doručení protokolu, keď už väčšina procesných možností uplynula.
• Prehliadnutie 15-dňovej lehoty na úhradu, ktorá od roku 2026 znamená úsporu tretiny pokuty.

Často kladené otázky

Ako dlho môže trvať daňová kontrola? Najviac jeden rok od začatia; pri transferovom oceňovaní ju možno predĺžiť najviac o 12 mesiacov. Počas prerušenia lehota neplynie.

Koľko času mám na vyjadrenie k protokolu? Najmenej 30 pracovných dní. Zmeškanie nemožno odpustiť.

Kedy je kontrola ukončená? Dňom doručenia protokolu.

Má odvolanie odkladný účinok? Áno, včas podané odvolanie proti rozhodnutiu vo vyrubovacom konaní odkladný účinok má. Správna žaloba už nie.

Do kedy môže správca dane vyrubiť daň? Spravidla do 5 rokov, pri uplatnenom odpočte daňovej straty do 7 rokov, najneskôr však do 10 rokov.

Ako znížiť pokutu? Dodatočným daňovým priznaním pred začatím kontroly alebo úhradou vyrubenej sumy do 15 dní od doručenia rozhodnutia.

Spracované k augustu 2026 podľa zákona č. 563/2009 Z. z. o správe daní v znení novely č. 384/2025 Z. z. a judikatúry Najvyššieho súdu SR a Ústavného súdu SR. Ide o všeobecnú informáciu, nie o právne poradenstvo k individuálnemu prípadu.